A inicios del año 2001, se perfiló en Fondef la necesidad de profundizar iniciativas basadas en la experiencia acumulada y la maduración de la actividad de investigación y desarrollo en el conjunto del sistema. Por ello, se coordinaron convocatorias a concursos temáticos destinados a resolver desafíos nacionales, en un sector determinado, a fin de lograr la consolidación de masa crítica y proyección internacional.

Gracias a aportes iniciales del BID, gestionados por el Ministerio de Economía, se lanzaron los siguientes programas:

• Programa Genoma en Recursos Renovables, en asociación con FDI y FIA (Corfo y Ministerio de Agricultura) 
• Programa Genoma en Biominería, en asociación con FDI
• Programa en Tecnologías de Información y Comunicación aplicadas a la Educación (Tic-Edu)
• Programa Hacia una Acuicultura Mundial
• Programa Marea Roja, en asociación con FDI
• Aporte Inicial a la creación del Fondo de Ciencia y tecnología en Salud, FONIS, en asociación con el Ministerio de Salud
• Programa Centro de Tecnologías de Información de Valparaíso (SEPARI), en asociación con el Gobierno regional de Valparaíso y JICA (Japón) 

 Actualmente, estos Programas continúan desarrollándose en Fondef,  con financiamiento del Fondo de Innovación para la Competitividad o Fondos de CONICYT.

Foto: omnia.