Corresponde a la Dirección Superior de Fondef y tiene como misión fijar sus prioridades y objetivos, además de aprobar las acciones que se desarrollan, como concursos, licitaciones y planes.

Sus decisiones son inapelables y se toman por consenso o quórum calificado.

Está constituido por un grupo interministerial cuyos integrantes son:

María Elena Boisier Pons

Presidenta de CONICYT

Presidenta del Consejo Asesor

  Juan A. Asenjo

Docente Universidad de Chile, Facultad de Ciencias Físicas y Matemáticas 

Representante de la Academia Chilena de Ciencias

Sally Bendersky.

 Jefa de División Educación Superior, Ministerio de Educación 

Representante de la Ministra de Educación 

Claudio Maggi

Director Ejecutivo, INNOVA CHILE - CORFO 

  Franco Faccilongo F.

Gerente General EFE

Representante CPC

Neva Milicic

Paz Garcés Luna

Coordinadora de la Subsecretaría de Hacienda 

Rodrigo Vega A.

Director Ejecutivo, Fundación para la Innovación Agraria- FIA 

Representante de la Ministra de Agricultura

Gonzalo Herrera J.

Director Ejecutivo de FONDEF

Secretario del Consejo Asesor

 Funciones Generales

• Asesorar a CONICYT en la definición de políticas científicas y tecnológicas que deban ser aplicadas por el FONDEF y
• Decidir acerca de la ejecución de los recursos que asigna directamente a dicho Fondo la Ley de Presupuestos 

Funciones Específicas

• Proponer medidas para la correcta aplicación por el FONDEF de las políticas generales y específicas de desarrollo científico y tecnológico que defina CONICYT.
• Emitir opinión sobre las modificaciones que sea necesario introducir a la reglamentación del Fondo y reglamentar su propio funcionamiento.
• Definir y proponer las bases y reglamentos de los concursos del FONDEF.
• Recomendar los criterios y procedimientos de evaluación, selección y supervisión de proyectos y de evaluación de sus resultados.
• Seleccionar y adjudicar los proyectos que financiará el FONDEF y establecer los montos y condiciones de adjudicación.
• Proponer la suscripción de los contratos a que den lugar los proyectos aprobados.
• Decidir acerca de las modificaciones, suspensiones y cancelaciones de proyectos en curso.
• Emitir opinión sobre los programas de trabajo y gastos de la Dirección Ejecutiva del FONDEF.
• Designar a los integrantes de los Comités de Área.