Desde 1992, año de su creación, Fondef ha financiando un alto número de proyectos de I+D  para su aplicación a la industria acuícola nacional. En 2001 el Gobierno de Chile inició  el Programa de Innovación y Desarrollo Tecnológico, estableciendo para el uso de sus recursos monetarios una focalización en cuatro áreas: Biotecnología, TIC, Tecnologías más limpias y Gestión de Calidad.   En respuesta a esta política tecnológica, Fondef creó en el año 2002 el Programa “Hacia una Acuicultura de Nivel Mundial”, como una iniciativa de gran alcance, de largo plazo y que fomentaría e impulsaría a una alta conectividad entre los participantes.